经过一番残酷的镇压，黎元洪的统治刚刚稳固一些，更大的威胁又降临在他的头上。
自张振武案后，黎元洪已经身不由己，只能靠向袁世凯。
二次革命时，黎更是一面倒向袁，袁世凯也没辜负黎，一个劲给黎元洪戴高帽子。曾亲笔写“民国柱石”四个大字制匾送黎。袁和国民党决裂后，又亲书“中华民国副总统府”八个字，制成宽五寸、长四尺八寸的长匾，派专使送到武昌来，挂在都督府门外。
尽管黎元洪不遗余力的追随，可是袁世凯终于不把黎当做自己人，更不放心把这位“民国柱石”摆在湖北都督的位子上。
早在袁世凯接收南京临时政.府时，就发表过以黎为参谋总长的命令，其用意是想以这个位高而无实权的位子来交换湖北都督职位。二次革命时，袁在对南方用兵过程中，一忽儿要黎兼领江西都督，一忽儿要黎兼领湖南都督，其目的都是在绕着圈子要把黎调出湖北来。
而黎元洪呢？也不傻，他虽然是处处顺从袁，但是在这件事上却寸步不让，就是不肯离开自己的老窝，不肯离开湖北。
在对南方用兵时，袁世凯本有一个企图，是借军事理由，派段芝贵率兵入鄂，这是“假途灭虢”的故计。只是黎元洪这个时候全身心的维护他，使他找不到进军湖北的借口。
在镇压了二次革命后后，袁便不止一次用“久仰、渴慕”等甜言蜜语引诱黎元洪北上和他见面，黎则推三阻四，想尽理由来婉拒北上。
袁终于忍耐不住了，下决心解决黎元洪和湖北问题。于是在民国二年十二月八日，密电召黎入京，同时特派段祺瑞到汉口劝驾。
段祺瑞八日到达汉口，黎元洪当然知道段是袁的第一号心腹大将，派这样一位角色来请驾，是绝对不好推脱的。
段催促得很急迫，要求黎立即动身。黎深知此次情况不同，不北上是不可能了。便邀集左右，举行了一次秘密会议，决定派都督府参谋长金永炎代理都督，自己抱着入虎穴的心情决定入京走一遭。
段祺瑞在湖北只和黎元洪匆匆一面，就替黎预备好到北京去的专车，十二月九日当面催促黎动身。
十二月十日，黎元洪正在北上途中，北京发布了总统命令：派段祺瑞权代湖北都督，派周自齐代理陆军总长。
黎元洪的专车到了北京，袁世凯派自己所乘的金漆朱轮马车到车站迎接，这辆马车在十四个月前曾用以迎接革命领袖孙中山先生。
黎所受到的热烈而隆重的欢迎，也不下于欢迎孙中山。
袁世凯同时手令规定黎副总统月俸一万元，办公费二万元。这和前一年袁授孙中山为全国铁路督办时的月俸三万元，是一个也不多，一个也不少。
为了答谢袁大总统，黎元洪上书道：“窃元洪屡觐钧颜，仰承优遇，恩逾于骨肉，礼渥于上宾，推心则山雪皆融，握手则池冰为泮。驰惶摩措，诚服无涯，伏念元洪忝列戎行，欣逢鼎运，属官吏推选之众，承军民拥戴之殷。王陵之率义兵，坚辞未获，刘表之居重镇，勉力难胜。洎乎宣布共和，混一区夏，蒙大总统俯仍旧贯，悉予真除。良以成规久圯，新制未颁，不得不沿袭名称，维持现状。
“元洪亦以神州多难，乱党环生，念瓜代之未来，顾豆分而不忍。思欲以一拳之石，暂砥狂澜。方寸之才，权撑圯厦。所幸仰承伟略，乞助雄师，风浪不惊，星河底定。获托威灵之庇，免贻陨越之羞。盖非常之变，非大力不能戡平；无妄之荣，实初心所不及料也。夫列侯据地，周室所以陵迟；诸镇拥兵，唐宗于焉驰废。六朝玉步，蜕于功人；五代干戈，胎自骄将。偶昧保身之哲，遂丛误国之愆。灾黎填于壑而罔闻，敌国入于宫而不恤。远稽往乘，近览横海，国体虽更，乱源则一，未尝不哀其顽梗。
“前者赣水弄兵，钟山窃位，三边酬诸异族，六省订为同盟。元洪当对垒之冲，亦尚尽同舟之谊。乃罪言勿纳，忠告罔闻，哀此苦心，竟逢战祸，久欲奉还职权，借资表率。只以兵端甫启，选典未行，暂忍负乘致寇之嫌，勉图抛杖观成之计。孤怀耿耿，不敢告人，前路茫茫，但蕲救国。今者列强承认，庶政更新，洗武库而偃兵，敞文园而弼教，际四海困穷之会，急起犹迟；念两年患难之场，回思尚悸，论全局则须筹一统，论个人则愿乞余年。
“倘仍恃宠??长留，更或陈情不获，中流重任，岂忍施于久乏之身，当日苦衷，亦难曝诸无穆之口，此尤元洪所冰渊自惧，寝馈难安者也。伏乞大总统矜其愚悃，假以闲时，将所领湖北都督一职明令免去。元洪追随钧座，长听教言，汲湖水以澡心，撷山云而炼性。幸得此身健在，皆属解衣推食之恩；倘遇边事偶生，敢忘擐甲执兵之报。伏居待命，无任屏营。谨呈等因。”
袁复黎书：“来牍阅悉，成功不居，上德若谷，事符往籍，益叹渊衷。溯自清德既衰，皇纲解纽，武昌首义，薄海风从。国体既更，嘉言益著。调停之术力竭再三，危苦之词书陈累万。痛洪水猛兽之祸，为千钧一发之防。国纪民彝，赖以不坠。赣宁之乱，坐镇上游，匕鬯不惊，指挥若定。吕梁既济，重思作楫之勋。虞渊弗沈，追论撝戈之照。凡所规划，动系安危，伟业丰功，彪炳寰宇。时局粗定，得至京师，昕夕握谭，快倾心膈。褒鄂英姿，获瞻便坐，逖琨同志，永矢毕生。每念在莒之艰，辄有微管之叹。
“楚国宝善，遂见斯人。迭据面请免去湖北都督一职，情词恳挚，出于至诚，未允施行，复有此牍，语重心长，虑远思深，志不可移，重违其意，虽元老壮猷，未尽南服经营之用，而贤者久役，亦非国民酬报之心。勉遂谦怀，姑如所请。国基初定，经纬万端，相与有成，期我益友。嗣后凡大计所关，务望遇事指陈，以匡不尽。昔张江??陵恒言吾神游九塞，一日二三。每思兹语，辄为敬服。前型具在，愿共勉之！此复。”
这两封信，全是言不由衷，假得可笑。
辞卸湖北都督的黎元洪被安置在瀛台下榻，这实在是一个极大的讽刺，因为这个地方正是慈禧幽禁光绪的地方。