下关情况更为混乱，各部队均已失去掌握，各自争先抢渡。由于船少人多，有的船因超载而沉没。大部官兵无船可乘，纷纷拆取门板等物制造木筏渡江，其中有些人因水势汹涌、不善驾驭而丧生。

因乌龙山要塞守军撤走，原停泊于草鞋峡、三台洞（燕子矶南）的“文天祥”鱼雷快艇中队也于十二日夜驰去大通，十二月十三日拂晓，日军山田支队未经战斗即占领了乌龙山；日海军舰艇通过封锁线到达下关江面，日军第十六师团一部亦乘舟艇进至八卦洲附近江面，大量正在渡江的中国军队官兵被日海军及第十六师团的火力和舰艇的冲撞所杀伤，宪兵副司令萧山令即死于半渡之中。

与此同时，日军各师已分由中山门、光华门、中华门、水西门等处进入南京城内；原在镇江的天谷支队已渡过长江，正向扬州前进中；国崎支队已至江浦，正向浦口前进中。已渡至江北的中国军队沿津浦路向徐州方向撤退。

十二月十四日，根据中国大本营的指示，唐生智在临淮关宣布南京卫戍司令长官部撤销，撤至江北的卫戍军部队改隶第三战区。南京保卫战基本结束。

从十二月十二日下午开始，南京卫戍军各部队撤退及突围的情况大致如下：卫戍司令长官唐生智、副司令长官罗卓英、刘兴及长官部官兵，十二日晚从下关煤炭港乘预备的小火轮渡江至浦口，得到日军已至江浦附近、正向浦口包围的情报，遂徒步向扬州顾祝同第三战区司令长官部靠拢。

十三日七时到达扬州时，顾祝同及第三战区司令长官部已移驻临淮关，临行时留下6辆卡车。唐生智等主要官员及卫队乘汽车至滁州转火车，于当晚到达临淮关。

在司令部渡江后，第七十八军、第三十六师亦于煤炭港分批乘船渡江，至乌衣集结，尔后乘车去蚌埠，又转信阳去江西萍乡整顿。

在叶肇及邓龙光两军长参加会议后，第六十六军及第八十三军（均为广东部队）共同研究决定：不遵守唐生智令第八十三军掩护其他部队突围后再于次日晨六时突围的命令，两军由叶肇统一指挥，按计划由正面突围，向指定地点转进，当即下令各师“按一六零、一五九、一五六、一五四师之顺序，由太平门突围，经汤山、句容向安徽宁国集中”。

十二日二十时前后，除一五六师因未接到命令外，其他三个师先后通过太平门，途经岔路口、仙鹤门、东流等地时，均遭日军阻击，第一五九师代师长罗策群率队冲击时阵亡。

拂晓前到达汤山附近时，又遭日军第十六师团主力的猛烈攻击。部队逐渐失去掌握，各自为战，数百人或数十人一队，分头向指定地点转进。叶肇、邓龙光与各自的部队失散，均换着便衣突过日军包围圈。

十二月二十日前后，各师大部分别到达南陵、歙县。第六十六军参谋处处长郭永镳在九华山一带收容失散的官兵约一千三百余人，临时编为三个营，一九三八年一月上旬，他们到达宁国附近归队。未接到命令的第一五六师师长李江率队与教导总队等一同撤至下关，部分官兵渡过长江，辗转归队。

南京卫戍军的其他各部，均于十二日下午和夜间拥至下关。第七十四军组织较好，又掌握有一艘小火轮，约有五千人渡过江北，其余部队仅有一部得以渡江，大多留在江南，遭日军杀害。